Dalam rangka meningkatkan mutu program pendidikan dan pelatihan, PPEI menjalin kerjasama dengan Japan International Cooperation Agency (JICA), Pasific Resource Exchange Center (PREX) – Osaka, Association for Overseas Technical Scholarship (AOTS)/KANKEIREN-Osaka, Business Partner City (BPC) – Osaka, Japan International Cooperation Center (JICE), AMEICC-HRD Working Group – Jepang; Indonesia – Australia Specialised Training Project (IASTP), AusAid – Australia dan CBI – Belanda.

Selain itu PPEI juga bekerjasama dengan pakar kewirausahaan dan para professional dalam negeri. PPEI juga menyelenggarakan kerjasama pelatihan ekspor dengan dinas perindustrian dan perdagangan serta perusahaan swasta maupun pemerintah baik di daerah maupun di pusat. Kegiatan ini dilakukan antara lain dengan PT Pupuk Sriwijaya, PT Pupuk Kaltim, PT Perhutani, Lembaga Pendidikan Perkebunan, Otorita Batam, Bank Ekspor Indonesia (Persero), PT Kayaba Indonesia, Itochu Corporation, Yayasan Dharma Bhakti Astra (YDBA), BULOG, Universitas Sebelas Maret dan Perguruan Tinggi Lainnya. Untuk lebih memasyarakatkan pengetahuan ekspor impor bagi berbagai kalangan, PPEI juga menerima kerjasama pelatihan secara kontraktual dengan kurikulum yang dirancang khusus sesuai dengan kebutuhan pelanggan.,